Kao nastavnik pojanja u Centralnoj osnovnoj školi, a nadasve u Srpskoj velikoj pravoslavnoj gimnaziji, gde pored redovne nastave priprema i komponuje za, širom Vojvodine, poznate Svetosavske besede, vodi tri školska hora i pevačko društvo „Neven“ i redovno sarađuje sa SNP na komponovanju i„muzičkom udešavanju“ pozorišnih komada sa pevanjem, Bajić je osećao stalni nedostatak školovanih muzičara. I obrazovana muzička publika, a Novi Sad ju je u to vreme zaista imao, zahtevala je muziku na višem umetničkom nivou. Sve to shvatajući Isidor Bajić je nakon dužeg premišljanja, dogovaranja i planiranja obnarodovao svoju nameru:

Muzička škola (konzervatorijum) u Novom Sadu

„ Od septembra ove godine (1909.) otvara se u Novom Sadu Muzička škola (konzervatorijum). S pogledom na veliku dobit i za varoš kao kulturni napredak, a i za našu decu, koja će se stručnim umetnicima vaspitavati u muzičkoj veštini, nadamo se da će naše građanstvo radosno pozdraviti ovu kulturnu novinu!”

Zastava, br.94, 15.maj 1909. godine.

Tako je otpočeo rad Bajićeve muzičke škole!

„Bez ikakve subvencije, bez ikakve pomoći,… postoji i radi  muzička škola u Novom Sadu. Niz dobrih klasičnih koncerata koje ova škola redovno priređuje…, najbolje svedoči da je rad u muzičkoj školi savremen i ozbiljan. Na sviranju svih učenika ogleda se ozbiljan rad i sprema.“

Zastava, 28, 1913. godine

Smrću Isidora Bajića  ugasila se i Bajićeva muzička škola. Posledice  Prvog svetskog rata, uticale su i na mukotrpno i sporo obnavljanje rada Muzičke škole „Bajić“.

„Sa kakvim teškoćama se škola borila, to se danas ne moze shvatiti… Pomoći vlasti su bile male i da su se začeci razvili u tako značajnu ustanovu kakva je danas Muzička škola „Isidor Bajić“ u Novom Sadu, može se zahvaliti samo istrajnosti i dalekovidosti tadašnjih nastavnika…“

Katica Panić